ארגון כרם נבות לכאורה מבצע מעקבים אחר אזרחים החיים ביהודה, שומרון ובקעת הירדן, ולאחר מכן מפרסם את שמות האזרחים וכתובות המגורים שלהם. כתוצאה מכך, האזרחים חשים מאוימים ומוטרדים מפעילות זו.

ארגון כרם נבות עוקב אחר קבר הרב רזיאל שבח שנרצח בפיגוע טרור קטלני.

ארגון כרם נבות הוביל את קמפיין ה-BDS נגד פרסום דירות של יהודים בהתיישבות באתר של AIRBNB (בעקבות כך, הוגשה תביעה ייצוגית לבית המשפט נגד הארגון.